סיפור עליית אליהו בסערה השמיימה, מתואר באריכות רבה בספר מלכים (מלכים ב’, פרק ב’). אך להיכן נעלם גופו? לאמיתו של דבר, שאלה דומה נשאלה כבר ע”י החתם סופר (שו”ת חת”ס ח”ו סי’ צח), ובאופן שונה במקצת. הגמרא במסכת עירובין דנה ארוכות האם וכיצד יכול אליהו הנביא לבוא בשבת, מבלי לעבור על איסור תחומין (השולל הליכת יותר מכאלף מטרים (2000 אמה) (ק”מ בערך) מחוץ לעיר בשבת). לפי זה כיצד מגיע אליהו לכל ברית שמתבצעת בשבת?
החת”ס משיב שגופו של אליהו נזדכך, נפרד מנשמתו, ונותר בגן עדן התחתון שבעולם הזה. הנשמה עלתה למעלה ושוהה עם המלאכים. לברית מגיע אליהו הנביא בנשמתו בלבד, ולכן אינו מחוייב בכל המצוות. בכדי לגאול את עם ישראל, מגיע אליהו בגופו, וחלות עליו כל מצוות התורה.
בהקשר זה מענין לציין שבספר “פרדס רימונים” להרמ”ק (שער כד פרק י”ד) תלמידו המובהק של האר”י הקדוש, מובאת אפשרות שגופו של אליהו נמצא בעולם הגלגלים, ואפשרות נוספת מצביעה על הימצאותו בעולם המלאכים. הרבי (לקו”ש ח”ב בלה”ק עמ’ 211-212) מציין בפשטות שגופו נמצא בעולם היצירה הרוחני. הרבי גם מסביר שאליהו עלה בסערה השמימה, בכדי שגופו ישאר בשלימותו. במקומות אחרים בחסידות (המשך תער”ב א’, עמ’ תרב) מוסבר, שתפקיד נשמת אליהו הנביא, מתבטאת בעיקר בזיכוך הגוף. זו הסיבה שהוא שהה בבטן אמו 12 חודש, וזו גם הסיבה שגופו נותר שלם לעד.